天河二号使用说明
准备工作：联系天河二号工作人员，填写申请表，审核通过后获得账号、密码、登录密钥和使用说明手册。
以下是在天河二号运行程序的一些总结，主要参考天河二号官方下发的使用说明。
连接
连接天河二号机器前，需先登录VPN。如果未安装VPN，先进入网页https://vpn3.nscc-gz.cn:4433下载Windows客户端，然后安装并运行程序。在出现的登录界面中填入以下信息：
服务器：vpn1.nscc-gz.cn 端口： 4433 账号： 账号 密码： 密码
如果信息无误，点解登录后VPN客户端会最小化到右下角托盘并显示绿色图标。
登录VPN后，才可以用SSH方式连接到天河二号的登录节点。登录节点默认的认证方式是免密私钥认证，需提供开设账号时分发的私钥作为凭证。使用OpenSSH客户端连接的示例为：
chmod 600 private_key && ssh -i private_key username@172.16.22.11
private_key在windows下默认为755权限，OpenSSH会拒绝使用安全性低的私钥，chmod保证读写权限均为私有。
运行环境
通过一些命令可以探测到天河登录系统的运行环境。
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uname -a: 系统的内核版本是2.6.32
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cat /proc/cpuinfo: 登录节点使用了intel芯片，含4个物理CPU，每个CPU8核心16线程
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free -g: 登录节点配备了128G内存
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df -h: 大约5P的硬盘存储
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gcc -v: gcc版本为4.4.7
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icc -v: 系统默认的icc版本为14.0.2，其他版本需使用module命令加载
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mpicc -v: mpi版本为3.1.3，使用icc 14.0.2编译
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make -v: make版本为3.81
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cat /etc/hosts|grep ln: 系统有几十个登录节点，这也解释为了登录的时候会经常提示指纹不匹配
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module avail: 系统支持模块，高版本的GCC/CUDA/FFT等均可以模块方式加载，无需自行编译
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ping cn.bing.com/ping 114.114.114.114: 提示找不到主机，表明机器无法访问外网
通过查看yhinfo等命令的帮助，可以看到任务管理系统使用的是slurm。把slurm命令中的s替换成yh，则是yh系列的各个命令。
计算节点无法登录，可以通过yhrun执行程序探测。以下是一些计算节点的信息：
CPU： Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz(未启用超线程) 内存： 64G 操作系统：天河自编译的Linux系统，内核版本2.6.32
程序运行
按照官方指南，程序的源码和编译可在主目录下，运行时的存储应放置在BIGDATA目录中。程序运行的命令主要是yhrun和yhbatch，yhrun是交互式提交作业，yhbatch是批量提交作业。实际使用中建议用yhbatch提交作业。
yhinfo/yhi
通过yhinfo或者yhi可查看用户可用的节点状态。命令的输出中，需要关注的是PARTITION和STATE两列。PARTITION指示任务可提交到的分区，在yhrun中会使用；STATE表示节点状态，只有idle的节点才是可直接使用的。
要查看所有分区/队列信息，可加上-a选项。
yhrun
yhrun用来交互式提交作业。基本用法是： yhrun [options] program [program-options]。options中，常见指定如下选项：
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-n: 任务数。在MPI作业中，即进程数
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-p: 任务运行分区。可用分区通过yhi命令查看
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-N: 节点数。希望作业运行在几个节点上
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-c: 任务使用的核心数。该值默认为1，非openMP程序一般用不到，指定了也不影响运行。
天河二号的每个计算节点配置24核，并且是独占式的。这意味着节点在同一时间只能被一个用户所使用，为了节省结算计时，尽量让N=[n/24]，或者不指定-N参数。
yhrun可以替代mpirun使用，而不是简单的在各个主机上执行相同程序。例如在多个进程上运行非MPI程序：yhrun -n20 -p free hostname，结果将返回进程所在节点的主机名，结果类似于pssh执行同一条命令。通过yhrun运行的程序能否让MPI程序的各个进程正常进行通信和交互，刚开始尚有疑惑。
为了检测yhrun和mpirun有相同效果，写了一个小demo进行校验。以下的测试代码：
#include "mpi.h" #include <stdio.h> int main(int argc, char **argv) { int rank, size, namelen; char name[1024]; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size); MPI_Get_processor_name(name, &namelen); printf("Hello world! I'm %s(%d) of %d\n", name, rank, size); MPI_Finalize(); return 0; } 编译和运行：
mpicc -o foo -O2 demo.cpp yhrun -n20 -p free ./foo
从结果上看，yhrun的执行效果和mpirun一致，说明yhrun确实可以替代mpirun执行有通信的多进程程序。
yhbatch
mpirun是交互式的提交作业，这意味着会一直占据终端，直到程序开始计算并将结果返回回会释放终端。大部分的程序运行时间周期都较长，在等待期间，如果用yhrun，用户只能等待结果或另开连接，否则无法进行其他操作。实际使用中，应使用yhbatch提交作业，yhrun执行具体任务。作业系统在yhbatch提交时申请的资源满足后，调度执行任务并将结果存放到用户的目录下。
yhbatch命令选项和mpirun命令相差不大，猜测的主要不同是yhbatch是向调度中心进行资源申请，只有满足这些条件才运行用户的程序，否则继续等待。
使用yhbatch首先建立一个脚本文件，里面放入程序执行命令：
#!/bin/bash yhrun -n10 -p free ~/foo
然后使用yhbatch提交：chmod u+x ./batch.sh; yhbatch -n10 -pfree ./batch.sh。yhbatch中的-N等参数应该不小于yhrun中的参数，否则运行时的进程数和节点可能并非所想，甚至出现资源错误提示。
yhqueue/yhq
yhbatch提交作业后，使用yhqueue/yhq可查看正在运行的任务状况。
yhcancal
提交到任务队列后，yhq可查看提交或者正在运行的任务id。如果想终止任务，使用yhcancel。
其他事项，请参考官方说明手册。
原文链接：https://www.qiquanji.com/post/4870.html
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